Η 14η Ιουνίου θεωρείται η επίσημη ημέρα έναρξης της κρητικής επανάστασης του 1821 και συμπίπτει με την μάχη στο χωριό Λούλος Χανίων, η οποία χαρακτηρίστηκε από τον ιστορικό Δ. Κόκκινο εξ ίσου σημαντική με τις μάχες στο Βαλτέτσι και τα Βασιλικά.
Στο Λούλο οι Έλληνες (οπλαρχηγοί Δασκαλάκης-Τσελεπής, Χάλης, Ι. Παπαδογεωργάκης, Παπανδρέας, Μουτσογιάννης, Σήφακας, Παναγιώτου και Βαρδουλομανούσος) νίκησαν τους γενίτσαρους του Ιμπραήμ Ταμπουρατζή, φόνευσαν πολλούς -μεταξύ αυτών και τον αρχηγό τους- και τους καταδίωξαν ως το χωριό Νεροκούρος έξω από τα Χανιά.
Η απόφαση για την συμμετοχή της Κρήτης στην Εθνεγερσία είχε παρθεί ήδη από τον Απρίλιο και είχε επικυρωθεί από τη Γενική Συνέλευση των Κρητών (με συμμετοχή 1.500 αγωνιστών και πλήθος κόσμου) στα Σφακιά στο ιστορικό μοναστήρι της Παναγίας της Θυμιανής.
Επίσης είχε εκλεγεί επαναστατική κυβέρνηση η «Καγκελαρία των Σφακίων», με έδρα το Λουτρό και φυσικό ορμητήριο τα Σφακιά. Άλλωστε από τα μόλις 1.200 όπλα που υπήρχαν σε ολόκληρο το νησί, τα 800 ήταν των Σφακιανών.
Από την άλλη πλευρά οι Οθωμανοί στην Κρήτη, που αποτελούσαν σχεδόν το μισό πληθυσμό, περίπου 120.000, είχαν τοπικό ισχυρό στρατό κατοχής, ενώ στο νησί στρατοπέδευαν και δύο σώματα γενιτσάρων.
Στη νίκη των επαναστατών στο Λούλο οι Τούρκοι απάντησαν με σφαγές αμάχων. Θανάτωσαν 400 χριστιανούς στα Χανιά και 1.200 στην ευρύτερη περιοχή του Αποκόρωνα. Στις 23-24 Ιουνίου εκτέλεσαν στο Μεγάλο Κάστρο τον αρχιεπίσκοπο Κρήτης Γεράσιμο Παρδάλη, πέντε επισκόπους και επίλεκτα μέλη της Ηρακλειώτικης κοινωνίας.
Ακολούθησε σφαγή 800 αμάχων στην περιοχή του Μεγάλου Κάστρου, γνωστή ως ο «μεγάλος απερντές». Στη Σητεία οι νεκροί ήταν 300. Η Μονή Τοπλού κάηκε και πολλοί μοναχοί σφαγιάστηκαν, όπως και οι μοναχές της Ι.Μ. Παλιανής (Βενεράτο).
Τον Μάιο του 1822 θα φθάσει στην Κρήτη ο αιγυπτιακός στρατός να συνδράμει τους Οθωμανούς που αδυνατούν να καταστείλουν την Επανάσταση στο νησί. Νέες στρατιωτικές επιχειρήσεις, άφθονο πολεμικό υλικό, η καταστροφή των χωριών, η σφαγή 2.000 και πλέον γυναικόπαιδων στο σπήλαιο της Μιλάτου (Φεβρουάριος 1823), η θυσία 370 χριστιανών στο σπήλαιο του Μελιδονίου (Ιανουάριος 1824), η πτώση των Σφακίων (Μάρτιος 1824) και στα μέσα του 1824 ο τουρκοαιγυπτιακός στρατός ελέγχει πλέον όλα τα πεδινά της Κρήτης. Ο αγώνας παίρνει πια μορφή ανταρτοπόλεμου.
Το 1825 η Επανάσταση μεταφέρεται στη Γραμβούσα και ξεκινά μια νέα περίοδος. Οι επαναστάτες που οχυρώθηκαν εκεί, έκτισαν οικισμό, σχολείο και την εκκλησία της Παναγίας της Κλεφτρίνας, ενώ αγόρασαν τη γολέττα «Περικλής» του Τομπάζη για να μεταφέρει στη φρουρά τρόφιμα και εφόδια, που εξασφάλιζαν κυρίως μέσω της πειρατείας. Ίδρυσαν δε το «Κρητικόν Συμβούλιον» ως επίσημη επαναστατική Αρχή της Κρήτης.
Με τη διαφαινόμενη λύση του ελληνικού ζητήματος μετά τη Συνθήκη του Λονδίνου (6/7/1827) σχηματίστηκαν σώματα εθελοντών από την Πελοπόννησο και την υπόλοιπη Ελλάδα για να στηρίξουν τον κρητικό αγώνα και η Επανάσταση αναζωπυρώθηκε στο νησί.
Το 1829 η Κρήτη βρισκόταν υπό τον πλήρη έλεγχο των επαναστατών με εξαίρεση τα τρία μεγάλα φρούρια (Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου), στα οποία είχαν καταφύγει οι Τούρκοι. Παρόλα αυτά, το Πρωτόκολλο Ανεξαρτησίας της Ελλάδος του 1830 άφησε την Κρήτη εκτός. Θα χρειάζονταν τουλάχιστον έξι ακόμη επαναστάσεις και 83 χρόνια για να αποτελέσει το 1913 επίσημα τμήμα του ελληνικού κράτους.
