Όταν η είδηση για την κήρυξη της Επανάστασης έφτασε στην Σαμοθράκη, οι νησιώτες αποφάσισαν να ακολουθήσουν. Τον Απρίλιο του 1821 δήλωσαν στον Τούρκο διοικητή του νησιού ότι «του λοιπού είναι Έλληνες ελεύθεροι και κατά συνέπειαν, δεν έχουσι πλέον να πληρώσι φόρους εις τον Σουλτάνον».
Οι επόμενοι μήνες μέχρι και τον Αύγουστο κύλησαν ομαλά, καθώς η Υψηλή Πύλη είχε άλλες προτεραιότητες. Όμως, την 1η Σεπτεμβρίου, την «πρωτοσταυρινιά» κατά τους ντόπιους, ο υποναύαρχος του τουρκικού στόλου Καρά Αλής φθάνει στη Σαμοθράκη με 1.000 (κατ’ άλλες πληροφορίες 2.000) στρατιώτες για να καταστείλει την ανταρσία.
Οι επόμενες 6-8 εβδομάδες ήταν καταστροφικές. Ολόκληρα χωριά λεηλατήθηκαν, εκκλησίες και μοναστήρια παραδόθηκαν στις φλόγες. Χιλιάδες άνδρες αποκεφαλίστηκαν. Γύρω στις 2.000 ήταν τα άμεσα θύματα των σφαγών, ενώ 1.800-2.000 άτομα πωλήθηκαν ως σκλάβοι στην Κωνσταντινούπολη. Αρκετοί απ’ αυτούς, εξαγοράστηκαν από τα φιλελληνικά κομιτάτα της Ευρώπης και σταδιακά επέστρεψαν στο νησί.
Μόλις 25-30 οικογένειες επέζησαν από το «χαλασμό», ενώ περίπου 500 Σαμοθρακίτες κατάφεραν να διαφύγουν μέσω θαλάσσης ή να διασωθούν με άλλους τρόπους.
Το 1830, με φιρμάνι του Σουλτάνου Μαχμούτ Β’ απελευθερώθηκαν Έλληνες που είχαν αιχμαλωτιστεί κατά την Επανάσταση, οπότε αρκετοί κάτοικοι γύρισαν στο νησί.
Ωστόσο η Σαμοθράκη αποτίναξε τον τουρκικό ζυγό πολλά χρόνια αργότερα· στις 19 Οκτωβρίου 1912 κατέπλευσε ο ελληνικός στόλος και «αποβιβάσας άγημα υπό του σημαιοφόρου Παναγιώτου κατέλαβεν ταύτην».
Το 1980 η Ακαδημία Αθηνών τίμησε τη Σαμοθράκη αναγνωρίζοντας το Ολοκαύτωμα που υπέστη κατά τους Αγώνες της Εθνεγερσίας.
